Het pensioen in eigen beheer in zijn huidige vorm kent een aantal knelpunten, die grotendeels worden veroorzaakt door het verschil tussen de fiscale en commerciële waardering van de pensioenverplichtingen. Bouwt u als directeur-grootaandeelhouder (dga) pensioen in eigen beheer op dan is het bijvoorbeeld  maar de vraag of u dividend aan uzelf kunt uitkeren. Om te bepalen of er voldoende vermogen in de bv overblijft na de dividenduitkering, moet namelijk gekeken worden naar de commerciële waarde van de pensioenverplichting en niet naar de fiscale waarde zoals deze meestal op de balans staat.

Vanwege de vele problemen met het pensioen in eigen beheer werkt staatssecretaris Wiebes aan een mogelijke oplossing en dat kost tijd. Op dit moment gaat zijn voorkeur uit naar een geheel nieuw systeem: een fiscale oudedagsreserve in eigen beheer. Deze reserve dient dan als vervanging van het pensioen in eigen beheer. Of dit ook uiteindelijk de oplossing moet worden, is nu nog niet bekend.